異なるCPU世代による互換性対応のためIntel X79 ExpressチップセットではPCI-E Gen2モードで動作するようにグラフィックスドライバから標準設定されておりますので故障ではございません。
NVIDIAのWebサイトにてPCI-Eの動作モードをGen 3に変更可能なツールが公開されております。
PCI-E Gen 3に対応した環境であることを確認のうえ、ユーザー様の自己責任の範疇において行ってください。
また、リンク先の内容を理解出来る方向けの上級者向け作業となりますので、多くのお客様には推奨いたしかねます。