インストールしたパッケージのアイコンがメインメニューに表示されない場合、
該当するパッケージが実行されていないことが原因です。
[パッケージセンター]→[<該当するパッケージ名>]を開き、「操作」と書かれたタブメニューを開いた際、
「実行」が表示された場合はそのパッケージは実行されておりません。
そのまま「実行」をクリックし、パッケージを実行すると表示されるようになります。
また、端末からバックグラウンドでファイルコピー等のコマンドを実行した場合、
パッケージを収納しているボリューム(\Volume1\以下)のパーミッションが破壊され、この現象を引き起こすことがございます。