Cloud Stationを使用したファイルの同期は、対象のファイル毎に情報をデータベース化し、 ファイルの更新をモニタリングして同期を行っております。
この仕組みの為ファイルサイズではなく、ファイル数に比例して同期する時間が長くなります。
Synologyの公式資料ではDS215j(DSM5.2)で1MBのファイルを10万個アップロードした場合、時間は約7万秒=約19時間かかる結果が出ておりますので、実環境においてはさらに時間がかかる場合も考えられます。
この現象を改善する為には対象のファイル数を減らして下さい。
Cloud Station Drive以外でファイル転送が遅い場合は、ハードウェアの故障も考えられます。そのような兆候が感じられた際にはサポートセンターまでお問い合わせ下さい。