この現象は、Synology DS215j との組み合わせで、日本国内のみで数件発生しております。
この原因は、対象HDDのファームウェアが "MX6OABT0" である為です。
Synology では東芝 3TB HDD (DT01ACA300) に関しては、ファームウェア "MX6OABB0" で動作検証を行っており、こちらのファームウェアでは正しく容量を認識出来ております。
この問題のファームウェア "MX6OABT0" ですが、特定ユーザー向け専用のファームウェアであり、通常の流通では販売していない製品向けであると東芝より回答を得ております。
何らかの理由により流通してしまった製品であり、Synology としても一般流通製品以外の対応は出来ないため、購入店舗に説明を行いまして他製品に交換対応して貰って下さい。