Cloud Stationのバージョン管理が有効になっている場合、データベースに過去のファイルの
コピーを保存するため、容量を大きく使用します。
DSM上の Cloud Station Server -> 設定 -> その他 -> データベース
の項目より現在使用しているデータベース容量確認可能です。
表示されていない場合には「計算」ボタンを押してください。
データベースの容量を減らしたい場合にはCloud Station Serverの設定より、
該当の共有フォルダの最大バージョンを減らしていただくか
「バージョンコントローラを有効にする」からチェックを外してください。
・Cloud Station Server - バージョン履歴で Cloud Station ファイルを管理する
https://www.synology.com/ja-jp/knowledgebase/DSM/help/CloudStation/cloudstation